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免費試用!智慧芽上線全球首個通式序列比對算法,檢索專利中隱藏的“萬億序列”的通式序列

行業(yè)
納暮2年前
免費試用!智慧芽上線全球首個通式序列比對算法,檢索專利中隱藏的“萬億序列”的通式序列

#本文僅代表作者觀點,不代表IPRdaily立場#


“首家向用戶開放免費注冊的生物序列商業(yè)數(shù)據(jù)庫?!?/strong>


來源:IPRdaily中文網(wǎng)(iprdaily.cn)


引言


FTO(Freedom to Operate)專利檢索與分析是醫(yī)藥企業(yè)評估專利侵權風險的有效手段,充分掌握并實施FTO專利檢索與分析有助于醫(yī)藥企業(yè)更好地降低風險、減少損失。在進行FTO調(diào)查的過程中,檢索數(shù)據(jù)庫的選擇至關重要。FTO檢索是查全性檢索,如果選擇的數(shù)據(jù)庫檢索不全面,就會增加一定的侵權風險,因此保證檢索式命中結果的全面性和準確性,至關重要。


在生物醫(yī)藥領域FTO專利檢索中,除了利用專利數(shù)據(jù)庫構建檢索式外,對于生物序列的檢索,還要使用特定的生物序列檢索工具進行檢索。


2023年6月,智慧芽旗下生物序列數(shù)據(jù)庫(簡稱"Bio")重磅上線全球首個通式序列比對算法,檢索專利中隱藏的“萬億序列”的通式序列。同年10月,Bio免費版正式上線并開放注冊。


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一、通式序列檢索輻射萬億序列


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背景:專利撰寫人員會在序列中引入簡并符、通配符和運算符等信息,并通過大段解釋性文檔描述這些符號的具體參數(shù)。通式序列并不具備生物學意義,它主要用于擴展專利的保護范圍并設置搜索障礙。傳統(tǒng)的序列同源性比對算法并沒有考慮到這種通式序列的情況,因此使用傳統(tǒng)算法進行搜索存在漏檢風險,無法找出所有潛在目標序列。


根據(jù)智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計顯示,在全球專利文獻中,這種特殊的通式序列數(shù)量并不低:核酸約740萬條,占總核酸數(shù)的7.12%;蛋白序列131萬條,占總蛋白序列數(shù)的7.55%。這表明大量的通式序列,由于特殊符號的存在,會對檢索結果產(chǎn)生影響,對于序列FTO來說風險非常高。


例如,查詢序列


"EVGSYPAPSDACPSDYFYCDASGRSAGGGGTENLYFQGSGGS",


在命中目標序列時,


"EVGSYXXXXX XCXXXXXXCX XSGRSAGGGG TENLYFQGSG GS"。


使用傳統(tǒng)序列方式檢索,BLAST算法的相似度僅為67%,但實際上相似度為100%。這種生物序列通過常規(guī)算法搜索會導致兩種情況:要么序列無法搜索,要么由于相似度低于閾值而被排除在結果之外。無論哪種情況,都會給序列搜索人員帶來不便,無法方便地與權利要求進行同源性比較,甚至會漏檢關鍵序列信息。


為了解決通式序列帶來的漏檢風險,智慧芽算法工程團隊利用自研的NLP、CV、實體識別、指代消解等技術,構建了深度學習模型,用于識別和解析序列表和專利全文中的通式序列及其取代信息,并建立了通式序列檢索庫。


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圖:智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫通式序列檢索入口


該庫通過特殊的序列比對算法,在通式序列檢索時不僅能夠搜索這類序列,還能返回真實的相似度。智慧芽的通式序列檢索解決方案能夠進一步降低在專利FTO和查新工作中的漏檢風險。


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圖:智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫通式序列檢索示意


二、Bio免費版全面開放注冊


常見的公共免費序列檢索數(shù)據(jù)庫,往往存在專利數(shù)據(jù)收錄不全、算法以及保密等問題,不適合用于嚴謹?shù)姆狼謾喾治?。所以,在進行FTO專利檢索與分析時,常選擇數(shù)據(jù)收錄和算法均能滿足防侵權分析的商業(yè)數(shù)據(jù)庫進行序列檢索。智慧芽Bio作為主流商業(yè)數(shù)據(jù)庫之一,今年10月重磅宣布免費版正式上線并開放注冊。歡迎新老用戶掃碼注冊使用!


無論您是致力于開發(fā)新型癌癥治療方法的生物科學家,希望了解可能影響藥物反應的不同序列變異,還是需要進行成果序列可專利性分析及FTO工作的知識產(chǎn)權律師,智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫均是幫助您解鎖和理解復雜生物序列的重要工具。


免費版權限:常規(guī)搜索、短序列搜索、Motif搜索各5次、可使用變異過濾查看變異報告、可查看來自序列索引專利、序列索引公開庫、人工標注序列的50條序列詳情。


免費版申請及使用入口:bio.zhihuiya.com


數(shù)據(jù)全面準確:智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫收錄海量全球生物序列相關數(shù)據(jù),并基于AI與人工標注數(shù)據(jù),高效保障準確性,滿足用戶的序列檢索分析需求。


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功能豐富:


功能:通式檢索、常規(guī)檢索、短序列檢索、Motif搜索、片段搜索、組合檢索、抗體搜索、藥物/基因索引


工具:序列助手、序列比對、工作空間、郵件提醒、sequence_suite、高級設置、過濾篩選


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圖:智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫功能

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圖:抗體檢索結果


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圖:序列助手示意圖


檢索清晰便捷:檢索簡單易上手,界面友好,數(shù)據(jù)庫部分界面截圖如下:


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為了提升您的檢索體驗
電腦端請訪問生物序列數(shù)據(jù)庫官網(wǎng)

bio.zhihuiya.com


生物序列專利檢索場景案例


CAR-T領域有哪些檢索方式能找到更多更全的技術資料和專利信息

知道一個抗體的名字,如何找到他對應的序列信息?

ADC藥物專利檢索分析策略


(原標題:智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫「通式序列+免費版」王炸組合等你來?。?br/>


來源:IPRdaily中文網(wǎng)(iprdaily.cn)

編輯:IPRdaily辛夷          校對:IPRdaily縱橫君


注:原文鏈接免費試用!智慧芽上線全球首個通式序列比對算法,檢索專利中隱藏的“萬億序列”的通式序列點擊標題查看原文)


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(英文官網(wǎng):iprdaily.com  中文官網(wǎng):iprdaily.cn) 


本文來IPRdaily中文網(wǎng)(iprdaily.cn)并經(jīng)IPRdaily.cn中文網(wǎng)編輯。轉載此文章須經(jīng)權利人同意,并附上出處與作者信息。文章不代表IPRdaily.cn立場,如若轉載,請注明出處:“http://islanderfriend.com”

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